红・绿・蓝篇：赤红获得大木博士的图鉴开启宝可梦旅程，挑战道馆，与劲敌青绿以及画家碧蓝相遇，后三人联手与火箭队决战，救出大木博士，赤红最终获得冠军。
黄篇：赤红成为冠军两年后失踪，小黄受大木博士托付寻找赤红，期间不断被四天王袭击，最终小黄联合众人击败四天王，阻止了他们建立宝可梦理想国的计划。
金・银・水晶篇：阿金在空木博士研究所遇到小偷阿银，发现面具男的阴谋，大木博士派出克丽丝塔儿，众人卷入面具男捕捉洛奇亚和凤王的计划，最终联手击败面具男。
红宝石・蓝宝石篇：路比和莎菲雅在丰缘地区展开 80 天竞争，面临熔岩队和海洋队的威胁，两人阻止了水梧桐和赤焰松唤醒固拉多和盖欧卡的计划，丰缘地区恢复平静。
火红・叶绿篇：赤红、青绿和碧蓝回到真新镇遭遇代欧奇希斯化身的阴影袭击，三人来到七岛学习强力技能，与火箭队三兽士等展开战斗，最终合力避免了飞行船坠毁。
绿宝石篇：米拉特被拉帝亚斯和拉帝欧斯带到对战开拓区，受雇在 7 天内捕捉基拉祈并挑战对战开拓区场馆，结识路比和莎菲雅，三人与水梧桐等展开战斗，最终团结众人击败盖欧卡。
钻石・珍珠篇：普兰汀娜为成人礼前往殿元山顶采集材料，与戴亚蒙德、帕尔误会同行，在游历神奥过程中遭遇银河队，三人联手阻止银河队的邪恶计划，平息了帝牙卢卡和帕路奇犽的愤怒。
白金篇：普兰汀娜来到对战开拓区，结识对战大君桄榔等，戴亚蒙德进入破格的世界遇见赤日，众人进入破格的世界团聚，最终帅哥逮捕骑拉帝纳，赤日解散银河队。
心金・魂银篇：阿金带着秘密任务参加宝可梦全能竞技赛，与渡接头了解火箭队和阿尔宙斯的信息，阿银发现石板用途，众人在神都遗迹阻止了火箭队利用阿尔宙斯的计划。
黑・白篇：主要讲述布莱克的冒险故事，他的目标是成为合众联盟的统治者，与社长怀得相遇，在合众地区展开一系列冒险。