《拳皇 94》：以女性格斗家队（金、坂崎百合、不知火舞）为主角，讲述了在新举办的采用三人组队方式的拳皇大赛中，坂崎百合和不知火舞被筛选出局，无法以龙虎队和饿狼队的名义参赛，最后她们与在英国开店的金组成了拳皇史上第一支女性格斗家队的故事。

《拳皇 95》漫画围绕拳皇 95 格斗大赛展开，格斗家们收到标有字母 “R” 的拳皇大会邀请函。美国队被八神队击败，八神队获得参战资格4。比赛过程中充满了各种激烈的格斗对决。而在大会背后，隐藏着卢卡尔巨大的阴谋4。比赛结束后，卢卡尔现身，他的手臂已变成机械，还宣称俘虏了草薙京的父亲草薙柴舟。草薙京为救父亲与卢卡尔展开战斗，柴舟先败下阵来，卢卡尔爆发出大蛇之力瞬间击败了其他格斗家，但最终因无法承受这股力量，不到三分钟便身体自爆而亡。

《拳皇 96》神乐千鹤作为大赛主办者现身，她是三神器之一 “镜” 之力的守护者，告知草薙京等人大蛇封印已被破坏，而破坏者是大蛇四天王之首的高尼茨。高尼茨曾夺走卢卡尔右眼并赐予其大蛇之血，他企图解开大蛇封印毁灭世界。神乐千鹤希望草薙京和八神庵联手对抗高尼茨，但八神庵态度不明。后来高尼茨打伤神乐千鹤，与草薙京、八神庵展开决战，麦卓和薇丝背叛高尼茨与八神庵一起战斗。最终高尼茨战败自杀，八神庵因体内力量失控陷入疯狂。

《拳皇 97》拳皇 97 大赛由大富豪基顿筹办，众多队伍参赛，包括日本队、龙虎队、恶狼队、金队、女性格斗家队、超能力战士队、怒队、地狱乐队和 97 特别队。此前暴风被封印后，草薙京与八神庵大战后去向成谜。97 年，崇拜草薙京的失吹真吾四处寻找草薙京，最终找到并拜其为师，随后带着草薙京的指导参加大赛。

《拳皇 98》延续了 97 中的特殊开场。漫画主要围绕拳皇 98 大赛展开，众多格斗家再次汇聚一堂，进行激烈的格斗较量，对每个人物的性格有较好的诠释，特殊开场动画较多。

《拳皇 99》1999 年，世界各地的格斗家收到邀请卡参加拳皇大会。此次大会对战形式采用 3 对 3 的 Striker Match，与以往不同，没有世界性规模的热闹气氛，格斗家们感到很奇怪。希顿上校觉得大会可疑，便派出莉安娜等人参加以调查真相。

《拳皇EVOLUTION》开篇承接拳皇 97 大蛇之战的结尾，世界各地的格斗家收到拳皇大会邀请函。此次大会对战形式为 3 对 3 的援护模式，与以往不同，没有世界性规模的热闹气氛，格斗家们对此感到疑惑。察觉到可疑之处的哈迪伦派遣拉尔夫等人去调查大会举办的真相，二阶堂红丸也作为特别队的一员收到邀请，他的队友是从未在格斗界出现过的 K’ 和马克西马。格斗家们带着疑惑分别动身前往指定地点。

《拳皇R全》时间点设定在《拳皇 94》之前，主要叙述了草薙京与女友小雪相识的过程，还讲述了草薙京与藤堂香澄在《拳皇 96》中的暧昧关系。此外，也展现了草薙京与二阶堂红丸、大门五郎从不打不相识到成为知交好友的经过，以及草薙京与宿敌八神庵初次会面的剧情，甚至还有电玩游戏《kof 京》的角色草薙京的堂哥草薙苍司及堂妹草薙葵的客串。

《拳皇 Z》聚焦于拳皇故事中的一段特殊断层，着重讲述了草薙京失踪的前因后果，深入刻画了草薙京与八神庵之间的宿命之争125。故事从草薙京这位拳坛核心人物的神秘消失展开，留下诸多谜团，引发了一系列连锁反应。在探寻真相的过程中，草薙京与八神庵之间的宿命对决不断升级，二人的实力与斗志在一次次交锋中展现得淋漓尽致，他们的战斗既忠实于原著风格，又有着让人意想不到的情节转折，将故事不断推向高潮。

《拳皇京》。故事从 KOF95 大赛的尾段开始，草薙京和八神庵在擂台上展开生死战，最终 Time Over，草薙京因 “血量” 比八神多而获胜。之后优胜者草薙京与获得大蛇之力的主办者卢卡尔对战，草薙京凭借实力用大蛇薙战胜了卢卡尔。